Merkezin kurulmasından önce ülkemiz, Güneydoğu Avrupa coğrafyasında kültürel işbirliğinin ve bölge çalışmalarının geliştirilmesi amacıyla UNESCO’nun desteği ile 1963 yılında Romanya’da (Merkezi Bükreş) kurulan “Association Internationale d’Etudes du Sud-Est Européen(AIESEE)/Uluslararası Güneydoğu Avrupa Araştırmaları Cemiyeti”ne üye olmuş ve başından beri aktif rol oynamıştır. AIESEE Türkiye Milli Komisyonu 13 Ocak 2005 tarihinde, Prof. Dr. Halil İnalcık Başkanlığında, uluslararası cemiyetin Başkan Yardımcısı (Vice-President) olan Prof. Dr. Melek Delilbaşı ile birlikte yeniden oluşturulmuş ve 25.05.2006 tarihi itibariyle Ankara Üniversitesi’ne bağlanmıştır. Böylece üniversitemiz bünyesinde bir “Güneydoğu Avrupa Çalışmaları Uygulama ve Araştırma Merkezi”nin kurulması için ilk adım atılmıştır.